Dựa vào màu sắc, Yến sào chia thành 3 loại gồm: Bạch yến (màu trắng đục), Hồng yến (Màu cam hoặc vàng ngà) và huyết yến (Màu đỏ). Trong đó, hồng yến và huyết yến là 2 loại yến sào cao cấp và khó tìm nhất hiện nay.
Bạch yến sào
Có thể là yến nuôi nhà hoặc yến đảo tự nhiên, bạch yến có giá thành phải chăng và rất dễ tìm và khai thác.
Yến hồng
Là loại yến tự nhiên sống ở đảo, được khai thác tại các hang đá dựng đứng hoặc vách đá cheo (hiểm trở)
Yến huyết
Là loại yến tự nhiên ở đảo, màu sắc có được do các chất dinh dưỡng trong yến lên men tự nhiên và kết hợp với các khoáng chất có trong đá (hiếm thấy, giàu chất sắt).